Робота поновилася 27 грудня 1917 р. (9 січня 1918 р.). Російську делегацію очолив нарком закордонних справ Л.Д.Троцкий.
На першому засіданні Р. фон Кюльман, заявив, що оскільки за минулий час країни Антанти не прийняли запропонованою Росією формули світу без анексії і контрибуцій, то і Четверний союз не вестиме переговори на її основі. Сепаратний характер врегулювання в Брест-Литовське виявився остаточно.
Для тиску на російську делегацію Германію і Австро-Угорщина стали використовувати претензії української Центральної Ради на утворення незалежної України. Цей орган, що представляв інтереси буржуазних і дрібнобуржуазних націоналістичних партій України, був створений ще в березні 1917 р., відразу ж після лютневої революції в Петрограді, але реально ніякої влади не мав. Проте на хвилі подій після жовтневого перевороту більшовиків 3 (16) листопада 1917 р. Генеральний секретаріат Ради проголосив її органом державної влади на усій Україні.
7 (20) листопада 1917 р. Центральна Рада на чолі з М. С. Грушевським, В. До.Винниченко і С. В. Петлюрой опублікувала III Універсал, який проголосив Українську Народну Республіку (УНР). 11 (24) листопада 1917 р. Петлюра, що очолював збройні сили нового режиму, заявив, що Центральна Рада не визнає повноважень Раднаркому в Петрограді і переймає на себе ініціативу по формуванню нового центрального уряду усієї Росії з "представників національностей і центрів революційної демократії". Провокуючи суперництво між урядом більшовиків в Петрограді і Центральної Ради в Києві, австро-германский блок шантажував Раднарком загрозою притягнути до переговорів київську делегацію.
Тим часом на Україні йшла боротьба між націоналістичними рухами прибічників Ради (базувалися в Києві) і прибічниками радянської влади (сили яких концентрувалися на Харківщині). Причому діячі Ради намагалися знайти опору одночасно і у Антанти, і у Четверного союзу. Спрямовуючись в Брест-Литовськ, вони сподівалися, що німецька армія допоможе їм затвердитися у влади. Одночасно лідери Ради претендували на приєднання до України частини Холмской губернії колишнього Царства Польського (Холмская Русь або Забужье, де проживало значне українське населення), що входило до складу Росії, і австро-угорських провінцій Буковини і Східної Галіції. Останні вимоги неминуче зіштовхували українську делегацію з Австро-Угорщиною. У разі задоволення її вимог Рада була готова надати Центральним державам продовольство, руду і погодитися зі встановленням іноземного контролю над залізницями, що проходять по Україні.
22 грудня 1917 р. (4 січня 1918 р.), ще до відновлення переговорів, делегація Центральної Ради прибула в Брест-Литовськ, де почалися її конфіденційні консультації з представниками Німеччини і Австро-Угорщини. У останніх не було єдиної позиції з українського питання. Австро-Угорщина не погоджувалася ні на передачу Буковини і Галіції, ні на відділення Холмщины. Між тим претензії Ради на польсько-українські землі уміло використовувалися німецькою делегацією, щоб чинити тиск на австрійську, яка через внутрішню нестійкість ситуації в Австро-Угорщині була набагато Німеччини зацікавленіша в укладенні швидкого миру з Росією.
Складнощі в "польсько-українському" питанні були частково пов'язані і з тим, що німецьке верховне командування заперечувало проти передачі польських земель кому б то не було і наполягало на їх повному приєднанні до Німеччини. Позиція глави німецької делегації Німеччини фон Кюльмана була обережніше, він заперечував проти відкритої анексії і вважав за краще говорити про який-небудь варіант "полюбовної" угоди, який не включаючи польські територію в Німеччину формально, дозволив би забезпечити на них необмежений німецький вплив.
Напередодні обговорення найбільш складних територіальних проблем 28 грудня 1917 р. (10 січня 1918 р.) Центральні держави поставили до порядку денного українське питання. Він торкався статусу Ради. Із заявою із цього приводу виступив глава її делегації В. Голубович. Він підкреслив, що Україна вступає у міжнародні відносини як самостійну державу, а отже і на переговорах в Брест-Литовське делегація Української Народної Республіки є повністю самостійною. В той же час, намагаючись пом'якшити гостроту свого заява, Голубович підкреслив, що декларована ним незалежність України не виключає якої-небудь форми державного єднання Росії і України в майбутньому. У зачитаній їм ноті Генерального секретаріату УНР до усіх воюючих і нейтральних держав говорилося: "Прагнучи до створення федерального союзу усіх республік, які виникли в даний момент на території колишньої Російської імперії, Українська Народна Республіка в особі Генерального секретаріату стає на шлях самостійних міжнародних відносин до того часу, поки не буде створений загальнодержавний федеральний зв'язок в Росії і не буде розділено міжнародне представництво між урядом Української Республіки і федеральним урядом майбутньої Федерації".
Обмовки Голубовича пояснювалися тим, що територія, реально контрольована Радою, неухильно скорочувалася під ударами харківського радянського уряду, який підтримував Петроград. Київські лідери побоювалися йти на повний розрив з більшовиками, але одночасно слабкість внутрішньополітичних позицій Ради примушувала її за всяку ціну домагатися міжнародного визнання, щоб швидше отримати офіційний статус і звернутися по допомогу до іноземних держав.
Радянська делегація опинилася в складному становищі. У разі невизнання незалежного статусу делегації Центральної Ради урядом в Петрограді Германію отримувала б формальні підстави вести з українською делегацією сепаратні переговори, що фактично б означало формування антиросійського українсько-німецького блоку. Але якби претензії Ради були підтримані, то Раднарком фактично погодився б не лише з ідеєю незалежності України, але і з тим, що цю нову незалежну Україну представлятиме вороже більшовикам уряд Центральної Ради, а не дружнє радянське керівництво України в Харкові.
Троцький обрав середній варіант - погодитися на участь делегатів Ради в переговорах, але не визнавати Раду в якості уряду України. Головуючий того дня на засіданні Кюльман спробував добитися від радянської делегації повнішого роз'яснення офіційної позиції російської сторони, але Троцький від нього відхилився.
Проте, 30 грудня 1917 р. (12 січня 1918 р.) від імені країн Четверного союзу із загальною заявою виступив граф Чернин. Визначаючи статус делегації Центральної Ради і її уряду він заявив: "Ми визнаємо українську делегацію як делегацію самостійну і як повноважне представництво самостійної Української Народної Республіки. Формальне ж визнання з боку Четверного союзу Української Народної Республіки як самостійної держави знайде своє вираження в мирному договорі".