Дія договору, розрахованого на п'ять років, закінчувалася в квітні 1946 р. Сторони могли його денонсувати, повідомивши про свій намір за шість місяців до цього терміну. Ялтинські зобов'язання Радянського Союзу суперечили букві договору. Проте Сталін прийняв рішення слідувати ім. 5 квітня 1945 м. СРСР направив японському уряду ноту, в якій сповіщав його про денонсацію договору.
Аргументуючи свою позицію, радянська сторона посилалася на порушення Японією духу і частково букви договору про нейтралітет, а також на міжнародні обставини, що змінилися. У ноті відзначалося, що Японія допомагала Німеччині, коли та вела війну з Радянським Союзом. В той же час Японія знаходилася у стані війни з США і Великобританією, які стали союзниками СРСР. Крім того, радянська сторона вказувала на випадки затримки і потоплення японськими військовими кораблями радянських цивільних судів (що доставляли вантажі для Китаю, що воював з Японією), інциденти на межі і тому подібне
Заявивши про відмову від продовження пакту про нейтралітет, радянська сторона одночасно відхилилася від роз'яснення питання про те, чи буде вона його дотримувати до квітні 1946 р., як це повинно було виходити з тексту договору, або ж стане вважати себе вільним від відповідних зобов'язань негайно. З юридичної точки зору вступ СРСР у війну проти Японії до квітня 1946 р. був явним порушенням. Питання про моральну виправданість цього кроку залишається в літературі дискусійним.