Вище вже відзначалося, що в роки війни Синьцзян підкорявся уряду в Чунцине тільки номінально. Внаслідок демографічного складу населення (китайці складали в нім меншість) влада китайської адміністрації в цьому районі спиралася переважно на військову силу. Проте військова слабкість уряду Чан Кайши і віддаленість Синьцзяна від власне китайських провінцій змушувала місцеву владу звертатися за підтримкою до Радянського Союзу. Радянська військова присутність в районі, про який і в Москві, і в Чунцине вважали за краще не говорити, була ключовою умовою стабільності між китайською адміністрацією і місцевими ісламськими народами.
Силами СРСР у кінці 30-х років для надання допомоги Китаю була побудована автомобільна траса, що з'єднала територію радянського Казахстану через головні адміністративні центри Синьцзяна з м. Ланьчжоу (пров. Ганьсу в Північно-західному Китаї), де була створена авіабаза для обслуговування спеціально прокладеної авіалінії Алма-Ата - Ланьчжоу. СРСР не отримав для цієї дороги права екстериторіальності, проте уздовж усієї траси була налагоджена система заправки і відпочинку, а саму трасу охороняли радянські військовослужбовці. Остання ділянка дороги проходила в безпосередній близькості від одного з районів, що контролювалися комуністами, і допомога, формально адресована Чан Кайши, нерідко потрапляла до них.
Тому в Синьцзяне за підтримки з СРСР сформувалися досить впливові комуністичні групи, що об'єднували як представників місцевого корінного населення, так і китайців. Комуністи чинили вплив на місцеву адміністрацію і періодично входили до складу провінційного уряду.
Військово-політична залежність провінційної влади від СРСР поєднувалася з потужною економічною прив'язкою: після споруди уздовж радянсько-китайської межі залізничної лінії, що зв'язала радянську Середню Азію з Сибіром (Турксиб), товаропоток з Синьцзяна, раніше орієнтований на віддалені порти китайського узбережжя на сході, перемкнувся на експорт через СРСР. Торговельно-економічні зв'язки Синьцзяна з Радянським Союзом отримали значний розвиток. У кінці 30-х років в Синьцзяне силами радянських фахівців було налагоджено виробництво літаків (завод в Урумчи).
Ще з другої половини 30-х років, побоюючись відторгнення Синьцзяна від Китаю, губернатор провінції генерал Шэн Шицай (обійняв посаду в 1932 р.) спробував узяти ситуацію в провінції під власний контроль і попередити розростання сепаратистських тенденцій. З 1937 р. протистояння місцевих націоналістів з провінційною владою вилилося в серію значних озброєних зіткнень, в результаті яких основні формування сепаратистів були розгромлені. Проте напруженість не спадала. Шэн Шицай не без підстав вважав, що місцеві націоналісти і комуністи отримують підтримку від СРСР. Початок радянсько-німецької війни і військові невдачі СРСР в 1941 р. підштовхнули губернатора до ідеї позбавитися від опіки Москви. Шэн Шицай активізував контакти з урядом в Чунцине і став домагатися розширення зв'язків з Великобританією (через кордон з Індією) і США. У березні 1942 р. місцева влада вислала з Синьцзяна усіх радянських фахівців. Усі створені при радянській участі підприємства були закриті.
У січні 1943 р. Шэн Шицай створив і очолив в Синьцзяне першу партійну організацію Гоміньдана. Услід за тим в провінцію були введені урядові війська Чан Кайши. У Урумчи були відкриті генеральні консульства США і Великобританії.
Весною 1944 р. ситуація загострилася ще більше. Спроба урядових сил виселити казахське населення з районів, прикордонних з радянським Казахстаном, привела до масової міграції казахів на територію Зовнішньої Монголії. Переслідуючи їх, китайські формування просунулися на монгольську територію. Сталося декілька озброєних зіткнень китайських сил з монгольськими формуваннями. Радянський Союз неофіційно дав зрозуміти уряду Чан Кайши, що не зупиниться перед наданням військової підтримки Монголії, якщо китайські війська виявляться на її території повторно. Спроби Чунцина вплинути на Москву через посередництво США ні до чого не привели. Американська адміністрація категорично відмовилася втручатися в радянсько-китайські тертя.
Проте різкий розрив господарських зв'язків з СРСР не міг бути заповнений розширенням стосунків з іншими країнами і регіонами. У Синьцзяне виникло безробіття, послідувало масове розорення економічно активних верств населення, що орієнтувалися на торгівлю з Радянським Союзом. Прийшла в розлад грошова система. У 1944 р. Чан Кайши був вимушений відкликати Шэн Шицая з Синьцзяна.
Проте осінню 1944 р. в районах компактного проживання алтайських казахів почалося повстання, яке охопило північні округи Синьцзяна. Урядові війська зазнали поразки. У листопаді 1944 р. в р. Кюльджа була проголошена Республіка Східно--Туркестану. На чолі її "Тимчасового революційного уряду" стали представники уйгурской і казахській родовій аристократії. Уряд проголосив завдання відділення від Китаю. Проте це керівництво не прагнуло до співпраці з СРСР. Не виявляло воно цікавості і до соціалістичних ідей. Тільки у 1945 р. в Синьцзяне стали проявлятися радикальні ліві організації некапіталістичної орієнтації.
Чан Кайши не мав можливості реально вплинути на ситуацію в Синьцзяне, оскільки не мав в розпорядженні для цього військових сил. Тим більше його хвилювала можливість втручання в синьцзянские поділа з боку СРСР.