У міру відступу Квантунской армії усе більш актуальним ставало питання про те, яке з союзних командувань прийматиме капітуляцію тих або інших японських частин в різних районах на материку і островах. Йшлося передусім про уряд Чан Кайши і керівництві КПК, кожне з яких прагнуло захопити майно і військове спорядження капітулюючих японських частин. Певні розбіжності відносно зон військового контролю існували і між СРСР і США.
Після прийняття умов капітуляції відповідно до едикту імператора верховна влада в Японії поступала в підпорядкування генералові Дугласу Макартуру, головнокомандувачеві об'єднаними силами союзників на Тихому океані. Особливість ситуації полягала в тому, що накази Макартура поступали до японських органів влади на місцях не безпосередньо, а через колишню ієрархію урядової і армійської бюрократії, начебто вони виходили від самого японського уряду.
За вказівкою Макартура імператор 15 серпня 1945 р. підписав підготовлений у Вашингтоні і узгоджений з союзниками текст Загального наказу номер 1 усім збройним силам Японії. Відповідно до нього збройні сили Японії в Малайї і ЮВА на південь від 16-го градуса с.ш. повинні були здаватися представникам командування Великобританії, в Маньчжурії, на Сахаліні і в Кореї на північ від 38-го градуса с.ш. - Радянської Армії, усі інші японські частини і з'єднання в Китаї, на Тайвані і у Французькому Індокитаї на північ від 16-го градуса с.ш. - Чан Кайши. США приймали капітуляцію на острівних територіях і в самій Японії.
Загальний наказ номер 1 загалом був дотриманий. Проте китайські комуністи на місцях діяли незалежно від нього. Вони вимагали і домагалися капітуляції від японських польових командирів, де тільки це їм вдавалося.
Деяке коригування наказу було проведене і за пропозицією СРСР. 16 серпня радянські представники зажадали включити в зону радянського окупаційного контролю Курильські о-ва і північну частину о. Хоккайдо. Американська адміністрація погодилася з введенням радянських військ на Курили, але енергійно відкинула пропозицію про розміщення їх на Хоккайдо.
Курильські острови були зайняті радянськими збройними силами в два прийоми. Спочатку з'єднання Петропавловской військово-морської бази, просуваючись з півночі, зайняли усі острови до о. Уруп включно. Чотири острови (Хабомаи, Шикотан, Кунашир і Ітуруп) на південь від острова Уруп окуповані не були. Іншими словами, радянські війська зайняли усю територію Курильських островів, як вона була описана в Петербурзькому трактаті 1875 р., де усі острови перераховані поіменно.
Чотири південні острови, приналежність яких Росії сьогодні оспорюється Японією, були зайняті радянськими військами пізніше. На них висадилися частини групи військ, що звільняла Південний Сахалін. Досі є принципові розбіжності з питання про те, коли саме - до або відразу ж після підписання акту капітуляції - ці острови були окуповані радянськими військами.