Бухарський емірат і Хивинское ханство знаходилися під протекторатом Російської імперії. Імператорський уряд контролював зовнішню політику обох держав, але не втручався в справи їх внутрішнього управління. Хива і Бухара залишалися абсолютними монархіями. Вони друкували свою валюту і містили невеликі власні армії. Бухара навіть мала в Петербурзі своє дипломатичне представництво, а Росія - своїх постійних політичних агентів в Бухарі і Хиве. Хоча формально Бухара і Хива не мали права підтримувати зовнішні зв'язки без відома Петербургу, емір бухарський Сеид Алим-хан знаходився в досить тісних дружніх зв'язках з еміром сусіднього Афганістану і постійно підтримував з ним зв'язки на недержавному рівні.
Етнічне розселення на території регіону не мало чітких меж. Відносно того періоду можна говорити лише про переважання того або іншого етносу на певній території: Туркестан генерал-губернаторське, наприклад, населяли на півночі в основному казахи, на сході - киргизи і узбеки, на півдні і сході - таджики, узбеки, на південному заході - туркмени і татари. Населення Бухари складалося переважно з таджиків і узбеків. Хиву населяли переважно узбеки, а також таджики, туркмени. У таких умовах держава не сприймалася як що має виражену етнічну приналежність, а серед жителів переважало не етнодержавне, а "оазисне" мислення - тобто населення тієї або іншої місцевості сприймало себе передусім в якості жителів цього оазису, цієї території, а не тієї або іншої етнічної групи або держави.
Серед корінного населення переважала релігійна психологія з домішкою традиційної легкої русофобії. Нові підприємницькі шари з числа місцевих етнічних груп в основному були політично і психологічно пов'язані з Росією і співпрацювали з російською владою. Але існували і невеликі групи націоналістів ("младобухарцы" і "младохивинцы"), які тяжіли до Заходу.