Радянська влада, встановлена насильницьким шляхом, була прийнята далеко не усіма шарами місцевих суспільств. У відповідь на революційне насильство виник озброєний опір у формі басмацького руху, учасниками якого стали великі землевласники, місцеві фабриканти, мусульманське духовенство і дуже значна частина селянства. До боротьби басмачів приєднувалися окремі білогвардійські загони і представники місцевого російського чиновництва. Рух басмацтва проходив під гаслами панісламізму з відтінком пантюркизма. Воно містило і антиросійський заряд. Своєю метою басмацтво ставило ліквідацію більшовицької влади і створення об'єднаної ісламської держави. Хоча різні соціальні і політичні сегменти цього руху переслідували власні цілі, їх об'єднувало гостре неприйняття комуністичних порядків, нав'язаних середньоазіатським народам як місцевими органами радянської влади, так і центральним урядом Радянської Росії.
Після проголошення республіки Туркестану влада в Ташкенті перейшла в руки місцевої Ради народних комісарів. Новий уряд відразу ж зіткнувся з рухом басмачів у Ферганській долині, де проти більшовиків об'єдналися "мусульманська армія" місцевого басмацького лідера Мадамин-бека і "народна селянська армія" полковника царської армії Монстрова, що підтримував зв'язок з "сибірським урядом" адмірала А.В.Колчака.
Весною 1918 р. і на території Закаспия спалахнуло вогнище антибільшовицького повстання. Місцеві націоналісти за підтримки есерів і білогвардійських загонів захопили в липні ашхабад, сформувавши в нім "Тимчасовий закаспійський виконавський комітет". Для надання їм підтримка в серпні того ж року в Закаспий з території Ірану була введена британські війська, що залишалися там до серпня 1919 р.
Подавити осередки антибільшовицького опору що не встигли зміцніти радянські уряди в Туркменії і Туркестані були не в змозі. У випадку з республікою Туркестану справа ускладнювалася її несподівано виниклим конфліктом з Бухарою.