На початку 1920 р. Червона Армія розгорнула широкомасштабні дії проти басмацького руху на території середньоазіатських районів РРФСР. Під тиском більшовицьких формувань з регіону були виведені британські війська. У червні 1919 р. був звільнений ашхабад, а потім і територія Закаспия. На початок 1920 р. у Фергані були розгромлені загони Мадамин-бека. Проте настання більшовицьких формувань не обмежилося межами меж колишньої Російської імперії.
У кінці грудня 1919 р. частини Червоної Армії увійшли на територію Хивинского ханства. Озброєні формування фактичного правителя Хивы диктатора Джунаид-хана були розбиті, а хан Сеид-Абдулла відрікся від престолу. "Младохивинцы" разом з місцевими комуністами проголосили Хорезмскую Народну Радянську Республіку. Її суверенітет був номінальним, а уряд повністю залежав від Радянської Росії. Схема колишнього російського протекторату над Хивой, з відповідними поправками, була відтворена за нових умов. У 1921 р. республіка Хорезмская підписала союзний договір з РРФСР.
За схожим сценарієм розвивалися і події в Бухарі. У серпні 1920 р. там сталося кероване місцевими більшовиками озброєне повстання. При прямій участі частин Червоної Армії, керованих М. В. Фрунзе, емір був позбавлений влади і біг із залишками своїх формувань в Східну Бухару, в Гиссарскую долину. У Бухарі була утворена Бухарська Народна Радянська Республіка, яка в листопаді 1920 р. уклала з РРФСР договір про військову взаємодопомогу, що дало можливість частинам Червоної Армії залишитися на території нової республіки.
Остаточний розгром антибільшовицьких сил в Бухарі був, проте, зв'язаний з рядом проблем. Зокрема, сили бухарського еміра отримували допомогу від Афганістану. Питання про поширення радянського контролю в Середній Азії, таким чином, частково залежав від того, якими виявляться стосунки між Радянською Росією і Афганістаном.