Договір з Афганістаном дозволив активізувати радянську політику в регіоні. У грудні 1921 р. Червона Армія розгромила загони бухарського еміра в Гиссаре і зайняла Душанбе. Емір зі своїми прибічниками біг в Афганістан, де знайшов притулок у Амануллы-хана.
Переламати хід подій спробував прибулий на територію Бухарської республіки в жовтні 1922 р. з Москви і що зустрічався там з В. І.Леніном Энвер-паша, у минулому помітний діяч младотурецкого руху і колишній військовий міністр уряду Османа, що користувався певною популярністю і в Середній Азії. Більшовицьке керівництво помилково вважало, що його вдасться використовувати для пропагандистської роботи серед мусульман Середньої Азії. Прибувши на місце, проте, Энвер-паша переконався в антиісламській спрямованості політики більшовиків і негайно став на сторону їх супротивників. Проте союз Энвера-паши з місцевими басмачами не склався, оскільки Энвер-паша категорично не прийняв варварські методи останніх.
На якийсь час йому вдалося об'єднати частину антибільшовицького опору. Сили Энвер-паши витіснили більшовиків з Душанбе і до березня 1922 р. підійшли до Бухари. Энвер вимагав виведення Червоної Армії з Бухари, Хивы і Туркестану і визнання його главою "мусульманської держави народів Середньої Азії".
Проте в серпні 1922 р. його загони в результаті контрнаступу Червоної Армії були відтіснені до афганської межі і там розгромлені. Энвер-паша був убитий в бою. Бойові дії проти уцілілих басмацьких формувань на чолі з Ибрагим-беком велися ще впродовж року. Осінню 1923 р. вони зазнали нової важкої поразки на території Східної Бухари, а сам Ибрагим-бек біг в Афганістан. Як масовому явищу басмацькому руху в Середній Азії був завданий вирішального удару, проте воно не було ліквідоване остаточно. До початку 30-х років тривали зіткнення загонів басмачів з частинами Червоної Армії і прикордонниками. Ці загони просочувалися з Афганістану, де в еміграції продовжував жити вигнаний бухарський емір.