Після повернення емір висунув програму радикальніших реформ. Цей крок знову був сприйнятий вороже консервативними кругами. Боротьба з реформізмом еміра набула в країні досить своєрідної форми, вилившись в 1928 р. не у верхівковий переворот, а у велике повстання таджицьких селян на північ від Кабула і одночасно пуштунских племен в Східній провінції. На чолі антиурядової боротьби виявився вихідець з афганських низів таджик Бачаи Сакао. Його підтримували опозиційно налагоджені консервативні для клерикалізму сили. На стороні антиурядових сил таємно діяла і британська агентура. Повсталі вимагали відміни реформ і позбавлення влади "нечестивого" еміра.
У Москві події в Афганістані викликали живий інтерес. У політбюро ВКП(б) і кругах Комінтерну активно обговорювалося питання про надання військової допомоги і іншого сприяння "повсталим революційним трудящим" Афганістану. Проте сумніви викликали природа повстання і та обставина, що антиурядові сили потайно підтримувала Великобританія. Радянське керівництво прийняло рішення утриматися від втручання в Афганістані, але продовжити спостереження за подіями, що відбуваються там, з тим щоб повторно повернутися до їх обговорення по ходу справ. Одночасно в Москві став прискорено опрацьовуватися сценарій підвищення рівня державності таджиків, що проживали на території СРСР. Було запропоновано перетворити Таджицьку автономну республіку у складі Узбецької РСР в союзну. Питання було підготовлене, але остаточного рішення по ньому радянське керівництво не приймало, уважно стежачи за ситуацією. В усякому разі, Москва не вважала за можливе підтримати еміра Амануллу.
У січні 1929 р. таджикско-пуштунская опозиція захопила Кабул. Аманулла біг в Кандагар. Влада перейшла до лідера повсталих Бачаи Сакао, який і проголосив себе новим еміром. При його активному сприянні на території Афганістану пройшли реорганізація і об'єднання розрізнених басмацьких загонів, що знаходилися там, бігли в першій половині 20-х рр. з Середньої Азії. Передбачалося, що це нове басмацьке формування може очолити колишній бухарський емір. У лютому 1929 р. він провів в Кабулі нараду польових командирів, намітивши план бойових дій на радянській території.
Така розстановка сил вже, поза сумнівом, означала загрозу для СРСР. Всупереч сценарію "підтримки революційних трудящих", було прийнято рішення надати допомогу Аманулле. У квітні 1929 р. в Північний Афганістан була введена бригада Червоної Армії, сили якої зіткнулися із загонами уряду Бачаи Сакао. Проте радянське втручання виявилося нетривалим. Аманулла не зміг продовжувати боротьбу в таких умовах і вважав за краще у кінці травня 1929 р. покинути Афганістан, емігрувавши в Італію через територію Британської Індії. З його від'їздом присутність радянських військ в Афганістані втрачало всяке правове обгрунтування, і вони були виведені.
16 жовтня 1929 р. в Таджикистані була проголошена Таджицька Радянська Соціалістична Республіка.