У травні 1939 р. у віддалених степах МНР, в районі річки Халхін-Гол, недалеко від монголо-маньчжурской межі виник озброєний конфлікт між японо-маньчжурскими і радянсько-монгольськими військами, що вилився в "малу війну", що тривала аж до середини вересня того ж року. (Радянські війська знаходилися в Монголії відповідно до радянсько-монгольського протоколу 1936 р.) Цей конфлікт, подібно хасанскому, виник як черговий пограничний інцидент у зв'язку з розбіжностями сторін у визначенні лінії межі. Суперечці сприяла наявність безлічі карт району, що містили різночитання, які трактувалися кожною із сторін у свою користь, а також сам характер місцевості, - пустинною і малолюдною з невизначеними пограничними покажчиками, що відстояли один від одного на багато кілометрів.
З початку 1939 р. в цьому районі сталося декілька інцидентів між монголами і японо-маньчжурами. Примітно, що на початку халхингольского конфлікту сторони розглядали його як звичайний інцидент, викликаний порушенням межі, з приводу якого вони обмінялися декількома взаємними протестами, причому перший з них був адресований уряду МНР. У Москві взагалі дізналися про того, що стався лише через декілька днів після початку конфлікту.
Але не можна вважати цей конфлікт випадковим. Він назрівав не лише тому, що часті і дрібні пограничні інциденти накопичувалися і створювали сприятливий грунт для великого вибуху, але зважаючи на появу в цьому районі частин Квантунской армії, що почали великі підготовчі заходи, розцінені в МНР і СРСР в якості підготовки для військових дій проти Монголії і СРСР (залізничне будівництво, установка ліній зв'язку, накопичення людських і матеріальних резервів).
Формально конфлікт був чотиристороннім (МНР і СРСР проти Маньчжоу-го і Японії), але фактично це було з'ясуванням стосунків між СРСР і Японією. Радянське армійське угрупування очолював Г. К.Жуков.
Хоча упродовж усього конфлікту японський уряд в Токіо категорично забороняв командуванню Квантунской армії розширювати зону конфлікту і поширювати бойові дії за рамки прикордонного району Монголії, бойові дії представляли велику небезпеку для безпеки МНР. У завершальній стадії конфлікту з обох боків в нім взяли участь понад 130 тис. солдатів і офіцерів.
Конфлікт на Халхін-Голі окрім військово-силового мав явний політико-дипломатичний вимір. І Радянському Союзу, і Японії було важливо продемонструвати свою боєздатність перед потенційними союзниками, оскільки в Європі і в США існували досить серйозні сумніви в здатності СРСР і Японії виступати надійними і боєздатними союзниками в майбутніх коаліціях, склад і конфігурації яких ще не були прояснені. Саме у ці місяці японська дипломатія вела запеклий торг про умови співпраці з Німеччиною і Британією. Не менш важкі переговори вели і делегати СРСР з представниками військових місій Британії і Франції в Москві.
Впродовж травня-серпня японські війська утримували ділянку оспорюваної монгольської території. Але до кінця серпня 1939 р. в ході ретельно підготовленої операції Червоної Армії вдалося практично повністю очистити захоплений район. Японська сторона втратила близько 61 тис. чоловік убитими, пораненими і полонениками і 660 літаків. Радянсько-монгольські війська - понад 18,5 тис. чоловік убитими і пораненими і 207 літаків.
Успіх радянських військ ще не гарантував закінчення конфлікту. Керівництво Квантунской армії і вище військове командування в Токіо у вересні 1939 р. все ще мали намір продовжити бойові дії до зими або навіть до весни 1940 р. Проте за наполяганням Берліна, що уклав 23 серпня 1939 р. договір про ненапад з Москвою, японський уряд поступово переглянув свою "радянську політику". З середини вересня бойові дії на Халхін-Голі були припинені, і 15 вересня 1939 р. було підписано відповідне перемир'я.